Am 10. Dezember 1872 meldete sich Johannes an der Pforte des Jesuiten Klosters in Stara Wieś an, wo er zum Noviziat angenommen wurde. Nach dem zweijährigen Noviziat befasste er sich mit humanistischen Studien und der Philosophie. Nach Abschluss seines Theologiestudiums in Krakau am 26. Juli 1881 wurde er von Bischof Albin Dunajewski zum Priester geweiht. Danach wurde er nach Tarnopol (heute Ternopil) geschickt, wo er mehrere Jahre am dortigen Jesuitenkolleg als Präfekt für die Schüler wirkte. 1884 absolvierte er die letzte Stufe seiner spirituellen Ordensausbildung, das sogenannte Terziat, unter der Leitung seines Meisters Pater Michal Mycielski SJ.
Nach dem letzten Gelübde, das er am 2. Februar 1886 ablegte, wurde Pater Johannes an das neu eröffnete Konvikt (Gymnasium mit Internat) in Chyrow berufen, wo er 10 Jahre als Erzieher für die Jugendlichen wirkte. Dieses wissenschaftliche und pädagogische Institut in Chyrow wurde 1883-1886 von Jesuiten gebaut. Einer der Absolventen, der hervorragende Schauspieler, Regisseur und Erzieher Janusz Warnecki, erinnert sich: „das Konvikt in Chyrow gehörte zu jener Zeit mit zu den progressivsten. …. Außer der für alle Priester verpflichtenden Philosophie und Theologie waren die Dozenten mehrerer Fakultäten diplomiert… Es gab eine reich ausgerüstete Schulbibliothek, mehr als ein Dutzend Handbuchsammlungen, jede Schulklasse konnte Physik- und Chemielabors benutzen, ein Numismatik Museum, große Künstlerateliers mit zahlreichen Mustern und Statuen, die, wie z.B. beim Zeichnen, als Modelle dienten, vielfältige, exotische Muster - manchmal auch lebendige Exemplare - aus Fauna und Flora, Klassen für Botanik und Zoologie. Das ist es, was dieses Institut auszeichnete“.
Pater Johannes unterrichtete auch Französisch und Russisch. Das Lehreramt entsprach aber nicht seinen natürlichen Neigungen.
Die Vorgesetzten erkannten seine pädagogischen Talente und ernannten Pater Johannes zum Präfekt-Erzieher im Konvikt. Später wurde er zum Leiter der Krankenabteilung ernannt. Dieser Aufgabe widmete er sich von ganzem Herzen. Seine Schüler erinnern sich an Pater Johannes als einen Menschen der, obwohl sehr unbeugsam und energisch, hart aussehend, tüchtig und demütig gegenüber sich selber, seinen Nächsten ganz zur Verfügung stand. Ein ehemaliger Schüler des Konvikts schrieb über Pater Beyzym, dass er deshalb beliebt war, „weil er durch sein „Tatarenantlitz“ hindurch immer sein goldenes Herz zeigte.“ Mit allen Kräften engagierte er sich in der Arbeit auf der Krankenstation. Die kranken Jungen brachte er manchmal auf seinen eigenen Händen im Krankenzimmer zu Bett, holte Bettwäsche vom Wäscheraum ab, ohne auf den Krankenpfleger zu warten, „damit der Kranke so schnell wie möglich zu Bett gehen kann ohne große Ermüdung“ wie er sagte. An viel Fantasie und Begeisterung mangelte es ihm nicht, auch wenn ein Übermaß an Arbeit anstand. Weil die Schüler sahen, dass in diesem streng aussehenden Mönch mit dem „Tatarenantlitz“ ein gutes und zärtliches Herz wohnte, fühlten sie sich zu ihm hingezogen und schenkten ihm ihr Wohlwollen und Vertrauen. Seine große Neigung galt den Blumen, die er selber anbaute und pflegte. Mit diesen Blumen schmückte er die Zimmer der Genesenden und besonders gerne den Altar in der Kapelle der Krankenabteilung, wo er die Heilige Messe für die kranken Schüler las.
P. Czesław H. Tomaszewski SJ