Ян Бейзим був родом із Східних Кресів (Східних Земель Давньої Речі Посполитої). Він народився 15 травня 1850 року та був первородним сином у графській родині Яна та Ольги Бейзимів. Найбільш вірогідним місцем його народження можна назвати невеличкий двір Бейзими (назва збереглася до сьогоднішнього дня), який знаходився у графському маєтку.
Небагато відомо про ранні дитячі роки Яна. За звичаєм, прийнятим у шляхетських родинах, діти виховувалися та отримували освіту вдома, під наглядом гувернанток та домашніх вчителів. Очевидно, так само було і у випадку Бейзимів. Ян, разом із своїми молодшими братами та сестрою, до тринадцятирічного віку навчався у родинному помісті Онацьківцях. Після того, як козаки сплюндрували та знищили двір, мати разом із дітьми переїхала до Києва. Батько, за участь у Cічневому повстанні, був заочно засуджений до смертної кари. Він змушений був покинути край, щоб врятувати своє життя. Йому вдалося потайки дістатися до Галичини. Притулок він знайшов у Порудному, біля Яворова, де став управителем маєтку одного із своїх родичів. Підтримувати стосунків з родиною не міг.
Щоб хоч якось допомогти матері утримати родину та дати дітям освіту, Ян давав уроки та допомагав по господарству. Наступного року він уже навчався у ІІ Київській гімназії. Можливість продовжувати навчання хлопець отримав лише після того, як сім’ї вдалося повернути частину майна на Волині. Ян закінчив гімназію у 1871 році вже із твердим рішенням вступити до духовної семінарії. Увесь наступний рік юнак працював у маєтку свого дядька в Сьлєдзях, допомагаючи вести господарство. Згодом хлопцеві вдалося переправитися до Порудного, де, через багато років розлуки, він нарешті зустрівся з батьком. Саме батькові він розповів про своє палке бажання стати священиком та присвятити своє життя праці серед подільського люду. Можливо, що саме за порадою батька, який підтримував близькі стосунки з єзуїтами, Ян прийняв рішення вступити саме до цього ордену.
О. Чеслав Г. Томашевскі ТІ