Jan Beyzym venait de l'ancienne région de l'Est de la République de Pologne, dite Kresy.
Il est né le 15 mai 1850 comme premier fils des nobles Jan et Olga Beyzym. Probablement le lieu de sa naissance est le petit manoir du patrimoine des nobles. Cette propriété porte le nom de Beyzymy.
On sait peu de choses en ce qui concerne la tendre enfance de Janek (diminutif de Jan). Conformément à la tradition des familles aristocratiques, les enfants apprenaient à la maison sous l'œil de la gouvernante et des précepteurs. C'était le cas de la famille Beyzym. Jusqu'à l'âge de treize ans Janek, sa sœur et son frère apprenaient dans leur manoir natal à Onackowce.
Après que leur manoir a été pillé et brûlé par les Casaques, la mère et les enfants ont déménagé à Kiev. Dans cette même période leur père a été condamné par contumace à la peine capitale pour avoir participé à l'Insurrection de Janvier. Pourtant il a pénétré clandestinement en Galicie et s'est installé à Porudne près de Jaworów où il gérait la propriété foncière de son cousin, sans avoir la possibilité de contacter sa famille.
Pour aider sa mère à entretenir et former son frère et sa sœur il donnait des leçons particulières et faisait les travaux liés à l'exploitation agricole. Un an plus tard il pouvait apprendre au Gymnase de Kiev.
Après un certain temps sa famille a recouvré une partie de son patrimoine en Volhynie, Janek a eu enfin des conditions pour continuer à apprendre au Gymnase qu'il a terminé en 1871, en ayant l'intention d'entrer au séminaire formant pour l'état ecclésiastique. Durant une année il a travaillé dans l'exploitation agricole de son oncle à Śledzie. Ensuite il s'est rendu à Porudno pour rencontrer son père après plusieurs années de séparation. Il a dévoilé devant son père le désir de devenir prêtre et servir le peuple de la région Podole. Peut-être à l'instigation de son père-qui entretenait de bonnes relations avec les jésuites-il a décidé de se faire religieux.
P. Czesław Tomaszewski SI